Dániát elkerülte a harmadik hullám, csak egyetlen dolgot csináltak másképp, mint a többi ország
A koronavírus-járványt okozó SARS-CoV-2 közel 30 ezer bázispárból álló genomját 2020. január 20-án tették először közzé. Magyarországon a Pécsi Tudományegyetem virológusainak sikerült először szekvenálniuk, tavaly márciusban. Az azóta eltelt egy év alatt világszerte 700 ezerszer ismételték meg ezt a munkát a tudósok. Ezzel a COVID-19 minden idők legszekvenáltabb vírusa lett, megelőzve a HIV-vírust és az influenzát.
A kutatók ezzel a módszerrel lépésről-lépésre követhetik a koronavírus genetikai kódjának változásait. Az Atlantic annak próbált utánajárni, hogy ténylegesen mekkora előnyt jelent ez most a pandémia elleni küzdelemben.
Azt írják, lehet, hogy a genom-figyelés a világjárvány legnagyobb tudományos öröksége lesz, jelenleg azonban sikere az emberi intuíciókon, időnként pedig a vakszerencsén múlik.
2019 telén például Tulio de Oliveira, a dél-afrikai KwaZulu-Natal egyetem bioinformatikusa figyelni kezdte az akkor még rejtélyes kínai tüdőgyulladás-eseteket. Aztán amint megjelent az interneten a vírus genomja, elkezdte felkészíteni laboratóriumát a koronavírus dél-afrikai szekvenálására.
Oliviera a világ azon kevés tudósainak egyike, akinek az ilyesmiben már jelentős tapasztalata van. Végzett szekvenálást a zika, a dengue és a sárgaláz vírusgenomjával is. Mások hasonló munkát végeztek az ebola vagy a Lassa-láz vírusával. Ezek többsége azonban utólag és kényelmes tempóban készült el. Mire az eredményeket közzétették, a járvány már rég lecsengett.
Az új koronavírus esetében azonban a brazil származású kutató az események elébe akart vágni. Csapata néhány hét alatt megírta a szükséges szoftvert, majd tavaly márciustól folyamatosan gyűjtötték a szekvenciákat. Novemberben, amikor dél-afrikai esetszámok újra emelkedni kezdtek, a csapat egy héten belül az egész régióból szekvenált mintákat, és meglepetésükre az 50 különböző klinikától érkező vizsgálati anyagban szinte mindig ugyanaz a mutáció jelentkezett.
Oliveira decemberben megosztotta eredményeit egykori oxfordi kollégájával, Andrew Rambaut-val, az edinburghi egyetem kutatójával, külön felhívva a figyelmet az N501Y mutációra. Nagy-Britannia rendelkezik a világon a legnagyobb covid-szekvenáló programmal, a koronavírus-genomok több mint egyharmadát ott szekvenálták. Rambaut elkezdte a brit koronavírus szekvenciákat átvizsgálni, és kiderült, hogy az N501Y már szerepelt a szigetország adatbázisában is, méghozzá a kenti mintákban, ahol az esetszámok az érvényben lévő zárlat ellenére is növekedtek. Ez a mutáció később dél-afrikai variánsként vált ismertté.
Néhány hét múlva pedig a brit egészségügyi hatóságok beszámoltak a vírus egy még könnyebben terjedő variánsáról, amely a dél-afrikaitól függetlenül fejlődött ki, ez volt a jelenleg nálunk is óriási problémát okozó brit variáns.
Bár ezek az azonosítások sikertörténetek, az Atlantic szerint naponta ezernyi új genomszekvencia készül el a rengeteg különböző mutációról, és
A sikerhez elengedhetetlen az orvosok és a szekvenálásokat végző laborok közti szoros együttműködés. Az orvosok a növekvő betegszámok alapján láthatják a trendeket, a kutatók pedig a jelzéseik alapján kiszűrhetik azokat a valóban veszélyes új mutációkat, amelyek újabb intézkedéseket követelnek.
Ugyanakkor az időben érkező figyelmeztetés sem garancia arra, hogy a politikusok lépnek. A brit és a dél-afrikai mutáns miatti riadóra például egészen másképp reagáltak a világ egyes országai.
"Négy-öt nagy kórházunk van, és ha felvettük a kapcsolatot velük, akkor alapvetően minden megvan.”- mondta Mads Albertsen, az Aalborgi Egyetem mikrobiológusa az Atlanticnak.
Az ország tudósai december óta figyelemmel kísérték a brit változat, a B.1.1.7 arányának folyamatos növekedését a szekvenciaadatokban. Amikor januárban észlelték, hogy már 256 ember elkapta a brit vírusváltozatot, a politikusok úgy döntöttek, meghosszabbítotják a szigorú járványellenes szabályokat.
Zárva maradtak az üzletek és az iskolák is. Sőt, a csoportos összejövetelek engedélyezett létszámát 10-ről 5-re csökkentették.
A genomszekvenálással pontosan nyomon követték, ahogy a brit variáns csakugyan dominánssá válik a fertőzöttek között. Míg az év elején csak a minták 2 százalékában mutatták ki, február második hetében már minden harmadik mintában azonosították.
Az adatokat látva csak március 1-jén kezdték enyhíteni a korlátozásokat. A nyitás lassan, előre megtervezetten folyik.
Más európai országokban csak késve reagáltak, így most megállíthatatlannak tűnik az esetszámok emelkedése.
Dánia (narancssárga) és Magyarország (kék), napi halálozási előrejelzés, 100 ezer főre vetítve, forrás: John Hopkins Egyetem
A politikusoknak nincs könnyű dolguk, amikor a különböző variánsok alapján kell döntéseiket hozniuk, mert a közvélemény ezeket a gyors változásokat gyakran követni sem tudja.
Jelenleg olyan nevekkel látják el az újonnan felfedezett variánsokat, mint a B.1.1.7, a 20I/501Y.V1 vagy a VOC 202012/01. A különböző, betűkkel és számokkal jelzett mutációk pedig semmit sem mondanak az emberek többségének. A WHO épp most tárgyal egy új változat-elnevezési rendszerről, ilyesmire ugyanis korábban soha nem volt szükség.
A megfejthetetlen variánsnevek az Atlantic szerint jól mutatják, mekkora kihívások előtt áll a genom-figyelés, ha a jövőben újabb járványok kontrollálásához akarja használni ezt a módszert a világ. Szekvenálni könnyű, elemezni nehéz, és még nehezebb rávenni a közvéleményt, hogy áldozatokat hozzon a vírusgenom néhány megváltozott betűje miatt.
